钦州市妇幼保健院创建于1974年，1993年增挂钦州市妇女儿童医院牌子、2008年增挂钦州市红十字医院牌子，实行三个牌子一套领导班子管理。1994年在全市率先获得国家“爱婴医院”；2008年12月，临床基因扩增检验实验室通过验收；同月产前诊断技术服务许可通过评审，成为广西北部湾沿海地区唯一一家“产前诊断中心”；2009年5月通过评审，成为广西市级第二家、广西北部湾沿海地区首家“三级甲等妇幼保健院”；2010年在我院设立的“钦州市新生儿疾病筛查中心”通过评审验收，成为广西北部湾沿海地区唯一一家“新生儿疾病筛查中心”；2010年6月我院“生殖助孕中心”通过评审成为广西北部湾沿海地区唯一可以开展人类辅助生殖技术的医院，2011年8月获自治区卫生厅批准成为广西盆底功能障碍防治中心，成为广西北部湾沿海地区唯一一家防治中心。2012年通过评审验收成为广西高等医学院校临床教学基地A级教学医院，同年与右江民族医学院缔结成为该学院教学医院。2013年钦州市妇产科市级医疗质量控制中心设在我院；2014年我院金海湾司法鉴定所经自治区司法厅评审验收通过，成为广西北部湾地区唯一拥有DNA亲子鉴定法定资质的医院。2014年成为钦州市地方病细胞与分子生物学重点实验室建设依托单位，2015年成为钦州市遗传医学人才小高地建设载体单位。2015年经中国妇女保健协会评审验收，为广西唯一一家市级医院获全国首批“母婴友好医院”称号。

钦州市妇幼保健院主要服务辖区404.10万人，辐射北海、钦州、防城港、玉林、崇左等广西北部湾经济区2100万人以及越南芒街等地群众。每年组织举办3—4次全市妇女儿童医疗及保健技术项目培训班，防城港、北海等地均派人参加，从而认可了钦州市妇幼保健院成为广西北部湾沿海一带妇女儿童医疗及保健技术项目培训指导中心。